La historia inicia con Samus Aran siendo en ese entonces una niña, en su infancia con su familia (sus padres Rodney Aran y Virginia Aran), hasta que son visitados por los Chozos quienes tienen una amistad con la colonia, Los Chozo visitan la colonia con la esperanza de adquirir un poco del Afloraltite que la colonia tenía en minas de la zona. Sin embargo, la colonia no estuvo de acuerdo en darles nada. Samus, sin embargo, capturó la atención de Old Bird, uno de los antiguos Chozo. Los dos dieron un paseo, en el cuál conversaron e iniciaron una amistad. Samus empezó a llamarlo "abuelo" y Old Bird le entrega a Samus una mascota, Ponchi (una especie conejo).
Sin embargo, una tropa de los Piratas Espaciales, liderada por Ridley, invadió la colonia. Samus, de tres años, tuvo un encuentro directo con Ridley, a quien le preguntó si podían ser amigos. Ridley se sintió humillado delante de sus tropas ante tal pregunta, e intentó asesinar a Samus debido a ella, pero no lo logró debido a que la madre de Samus la empujó para apartarla del golpe. Como resultado, Virginia muere, mientras que Rodney, su padre, se sacrifica a sí mismo con el objetivo de hacer una explosión en la nave de los Piratas Espaciales. Poco supo Ridley en ese momento, que al intentar asesinar a Samus, y de hecho matar a la madre de ella, se había creado su más grande enemigo. Samus fue la única sobreviviente al ataque. Eventualmente, el mismo grupo de Chozo visitó la destrozada colonia y la encontró. Old Bird decidió llevarse a Samus. Se la llevaron a su planeta, Zebes, y la criaron como a una Chozo. Se le transfirió sangre Chozo y posteriormente se le entregó una poderosa arma bio-mecánica; el Power Suit, construído enteramente con tecnología Chozo.
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